Введение
Глава 1 Обзор литературы 12
1.1 Основные сведения о Y. pestis 12
1.2 История открытия капсульного антигена чумного микроба, изучение его физико-химических свойств, условий выделения и очистки 14
1.3 Молекулярная структура Cafl 17
1.4 Генетические детерминанты Cafl Y. pestis 19
1.5 Шаперон/ашерные системы секреции чумного микроба 21
1.6 Капсула как фактор патогенности Y. pestis 28
1.7 Иммуногенные свойства Caf1 Y. pestis 31
1.8 Заключение по обзору литературы 35
Собственные исследования и их обсуждение 37
Глава 2 Материалы и методы 37
2.1. Штаммы микроорганизмов 37
2.2 Среды и условия культивирования 38
2.3 Лабораторные животные 38
2.4 Молекулярно-генетические методы 39
2.4.1. Выделение геномной ДНК 39
2.4.2 Секвенирование гена caf 39
2.4.3 Полногеномное секвенирование штаммов Y. pestis subsp. microti 41
2.5 Выделение и очистка Сaf1 Y. pestis 42
2.6 Изучение иммунологических свойств изоформ капсульного антигена 43
2.6.1 Иммунизация мышей изоформами Сaf1 43
2.6.2 Перекрёстная протективность изоформ Cafl 44
2.6.3 Перекрёстная серологическая активность изоформ СаП 45
2.7 Биоинформационные методы 46
2.7.1 Анализ полиморфизма гена cafl 46
2.7.2 Анализ полногеномных последовательностей ДНК 47
2.7.3 Структурно-пространственные свойства изоформ капсульного антигена Y. pestis 48
2.8 Статистические методы 49
Глава 3 Сравнение молекулярно-генетических, физико-химических и структурно-пространственных свойств изоформ Caf1, выявление отличий 50
3.1 Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей caf1 генов Y. pestis и кодируемых ими аминокислотных последовательностей белков 50
3.2 Внутренний фолдинг структуры различных вариантов Caf1 антигена Y. pestis 53
3.2.1 Вторичная структура 53
3.2.2 Компьютерное моделирование третичной структуры изоформ Caf1 антигена 56
3.2.3 Внутренняя неупорядоченность изоформ Caf1 чумного микроба 60
3.3 Выделение и очистка изоформ Caf1 63
3.4 Заключение по Главе 3 65
Глава 4 Изучение иммуногенной активности трёх изо-форм Caf1 Y. pestis 69
4.1 Перекрёстная серологическая активность 70
4.2 Перекрёстная протективность 72
4.3 Заключение по Главе 4 77
Глава 5 Полиморфизм нуклеотидных последовательностей шаперон/ашерных систем секреции Y. pestis 79
5.1 Полногеномное секвенирование штаммов чумного микроба, отличающихся по продуцируемым изоформам капсульного антигена 80
5.2 Вариабельность шаперон/ашерных систем секреции у штаммов Y. pestis различных SNP-типов 86
5.3 Заключение по Главе 5 107
Заключение 112
Выводы 118
Практические рекомендации 120
Список использованных источников 124
