Введение
Глава 1. Обзор литературы 9
1.1. Источники гетерогенности протеома 9
1.1.1. Полиморфизм единичных аминокислот 9
1.1.2. Альтернативный сплайсинг 11
1.1.3. Посттрансляционные модификации 12
1.1.4. Другие источники протеоформ 13
1.2. Современные подходы к идентификации протеоформ 16
1.2.1. Геномные и транскриптомные подходы 16
1.2.2. Протеомные подходы 21
1.3. Ресурсы, позволяющие оценить разнообразие протеоформ 34
1.3.1. Геномные и транскриптомные ресурсы 34
1.3.2. Протеомные ресурсы 38
Глава 2. Материалы и методы 44
2.1. Транскриптомные данные: источники и метод обработки 44
2.2. Протеомные данные 46
2.3. Анализ результатов масс-спектрометрического исследования протеома клеточной линии HepG2 50
2.4. Функциональное описание протеома клеточной линии HepG2 52
Глава 3. Результаты и обсуждение 53
3.1. Транскрибируемые протеоформы клеточной линии HepG2 53
3.2. Поиск пептидных фрагментов для идентификации протеоформ 57
3.3. Протеом клеточной линии HepG2 64
3.4. Аннотация выявленных протеоформ с учетом их физико-химических параметров 77
3.4.1. Белковые продукты одного гена, идентифицируемые в разных областях двумерной электрофореграммы 77
3.4.2. Аннотация протеоформ, входящих в состав белковой группы 82
3.5. Протеоформы клеточной линии HepG2, ассоциированные с опухолевыми процессами 88
Заключение 93
Выводы 95
Список литературы 96
Благодарности 106
Приложение 1. Перечень масс-спектрометрически идентифицированных протеоформ 107
Приложение 2. Перечень аннотированных протеоформ 114
