Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 13
1.1 Внутриопухолевая гетерогенность 13
1.1.1 Феномен внутриопухолевой гетерогенности 13
1.1.2 Типы внутриопухолевой гетерогенности 15
1.1.3 Гипотезы формирования внутриопухолевой гетерогенности 17
1.1.4 Клональная эволюция в формировании внутриопухолевой гетерогенности 21
1.2 Рак молочной железы 23
1.2.1 Внутриопухолевая гетерогенность рака молочной железы 25
1.2.2 Внутриопухолевая морфологическая гетерогенность рака молочной железы 27
1.3 Лекарственная устойчивость 31
1.3.1 Феномен лекарственной устойчивости 31
1.3.2 Механизмы лекарственной устойчивости 32
1.3.3 Вклад внутриопухолевой гетерогенности в формирование лекарственной устойчивости 37
1.4 Заключение по обзору литературы 39
ГЛАВА 2. Материалы и методы 42
2.1 Клиническая характеристика больных 42
2.2 Материал исследования 44
2.3. Дизайн исследования 44
2.4 Методы исследования 46
2.4.1 Криотомирование 46
2.4.2 Гистологическое окрашивание 46
2.4.3 Морфологический анализ 47
2.4.4 Лазерная микродиссекция 48
2.4.5 Выделение РНК 49
2.4.6 Проверка качества РНК 51
2.4.7 Полнотранскриптомная амплификация 51
2.4.8 Флуоресцентное мечение и амплификация кДНК 55
2.4.9 Гибридизация на микроматрицах
2.4.10 Биоинформатическая обработка результатов полнотранскриптомного профилирования 57
2.4.11 Количественная полимеразная цепная реакция в режиме реального времени 58
2.4.12 Статистическая обработка результатов 60
ГЛАВА 3. Результаты исследований и их обсуждение 62
3.1 Оценка эффективности НАХТ в зависимости от внутриопухолевой
морфологической гетерогенности РМЖ 62
3.1.1 Оценка эффективности НАХТ у больных РМЖ с сохраненной менструальной функцией и в менопаузе в зависимости от внутриопухолевой морфологической гетерогенности 65
3.1.2 Исследование эффективности НАХТ у больных РМЖ с локализованным и местнораспространенным процессом в зависимости от внутриопухолевой морфологической гетерогенности 68
3.1.3 Эффективность НАХТ у больных с различными молекулярно-генетическими типами РМЖ в зависимости от внутриопухолевой морфологической гетерогенности 70
3.1.4 Эффективность различных схем НАХТ у больных РМЖ в зависимости от внутриопухолевой морфологической гетерогенности 73
3.2 Транскриптомный портрет различных морфологических структур
опухолей молочной железы 77
3.2.1 Схожесть и различия разных морфологических структур в экспрессионном профиле 78
3.2.2 Экспрессия общих и специфических генов в различных морфологических структурах 82
3.2.3 Функциональное аннотирование гиперэкспрессирующихся генов различных морфологических структур 83 3.2.4 Экспрессия генов лекарственной устойчивости в различных морфологических структурах 86
3.2.5 Регуляция сигнальных путей лекарственной устойчивости в различных морфологических структурах 93
3.2.6 Характеристика генов, вовлеченных в лекарственную устойчивость и чувствительность разных морфологических структур 3.3 ПЦР валидация результатов полнотранскриптомного профилирования различных морфологических структур 105
3.4 Экспрессионный портрет лекарственной устойчивости различных морфологических структур
3.4.1 Экспрессионный портрет лекарственной устойчивости тубулярных структур 110
3.4.2 Экспрессионный портрет лекарственной устойчивости альвеолярных структур 111
3.4.3 Экспрессионный портрет лекарственной устойчивости солидных структур 114
3.4.4 Экспрессионный портрет лекарственной устойчивости трабекулярных структур 116
3.4.5 Экспрессионный портрет лекарственной устойчивости дискретных групп опухолевых клеток 119
Заключение 121
Выводы 133
Практические рекомендации 135
Список сокращений 136
Список литературы 137
