Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 11
1. Современные возможности метода сканирующей зондовой микроскопии в микробиологии 13
2. Изучение ультраструктуры микроорганизмов методом атомно- силовой микроскопии 23
Собственные исследования 30
ГЛАВА 2. Материалы и методы 30
2.1. Штаммы микроорганизмов 30
2.2. Реактивы и буферные растворы 30
2.3. Оборудование для экспериментов 31
2.4. Подготовка микроорганизмов для исследования методом атомно-силовой микроскопии 32
2.5. Статистическая обработка результатов 33
ГЛАВА 3. Адаптация параметров сканирования атомно-силовой микроскопии для изучения микроорганизмов и повышение качества полученных изображений 34
3.1. Разработка алгоритма определения оптимальных диапазонов основных параметров сканирования бактерий методом атомно-силовой микроскопии 34
3.1.1. Изучение влияния амплитуды колебаний кантилевера на качество изображения 35
3.1.2. Выбор оптимальных значений фазы колебаний кантилевера при использовании методов отображения фазы и модуляции силы
3.1.3. Управление скоростью сканирования АСМ
3.1.4. Оценка влияния взаимодействия зонда с поверхностью образца на качество изображения 40
3.1.5. Влияние коэффициента усиления цепи обратной связи 42
3.2. Разработка методики обработки АСМ изображений биопрепаратов с использованием модуля Image Analysis 48
ГЛАВА 4. Выбор методов подготовки микроорганизмов для исследования методом атомно-силовой микроскопии 54
4.1. Влияние денатурирующих методов фиксации на морфологию и ультраструктуру бактериальной клетки 54
4.2. Влияние методов аддитивной фиксации на морфологию и ультраструктуру бактериальной клетки 62
Глава 5. Изучение морфо-функциональной реакции бактерий на различные воздействия методами атомно-силовой микроскопии 70
5.1. Изучение биопленок микроорганизмов методом атомно- силовой микроскопии 70
5.1.1. Определение чувствительности микроорганизмов к антибиотикам с помощью АСМ 71
5.1.2. Исследования влияния кислотного и щелочного стресса на микроорганизмы с помощью АСМ 77
5.2. Комплексный подход к изучению биопленок микроорганизмов методом атомно-силовой микроскопии 80
5.3. Влияние поверхностных белковых структур микроорганизмов на альтернативные подложки – мембраны из хитозана 88
Заключение 93
Выводы 102
Список литературы
