ВВЕДЕНИЕ...................................................................................................................... 5
ГЛАВА 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ ............................................................................... 15
1.1 Характеристика представителей рода Streptococcus........................................... 15
1.1.1 Общие сведения.................................................................................................... 15
1.1.2 Классификация представителей рода Streptococcus......................................... 15
1.1.3 Особенности эпидемиологии стрептококковых инфекций ............................. 25
1.2 Молекулярно-эпидемиологические подходы для внутривидовой
дифференцировки штаммов стрептококков............................................................... 33
1.3 Генетический полиморфизм стрептококков, опосредованный экзогенными
генетическими элементами .......................................................................................... 37
1.3.1 IS-элементы........................................................................................................... 39
1.3.2 Транспозоны и интегративно-конъюгативные элементы................................ 39
1.3.3 Бактериофаги ........................................................................................................ 44
1.3.4 Плазмиды .............................................................................................................. 48
1.4 Уровень устойчивости стрептококков групп А, С и G к макролидам .............. 48
1.5 Заключение .............................................................................................................. 52
ГЛАВА 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ..................................... 53
2.1 Объекты исследования ........................................................................................... 53
2.2 Микробиологические методы исследования........................................................ 56
2.3 Молекулярно-генетические методы исследования ............................................. 57
2.4 Методы биоинформатики....................................................................................... 64
РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ ............................................. 67
ГЛАВА 3 СОЗДАНИЕ КОЛЛЕКЦИИ ШТАММОВ СТРЕПТОКОККОВ И ИХ
ПЕРВИЧНАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА........................................................................... 67
ГЛАВА 4 УСТАНОВЛЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РОДСТВА ШТАММОВ
СТРЕПТОКОККОВ С ПОМОЩЬЮ МЕТОДОВ МОЛЕКУЛЯРНОЙ ГЕНЕТИКИ
......................................................................................................................................... 73
3
4.1 emm – генотипирование штаммов S. pyogenes и S. dysgalactiae subsp. equisimilis
......................................................................................................................................... 73
4.2 Анализ рестрикционного полиморфизма геномной ДНК штаммов
стрептококков методом пульс-электрофореза ........................................................... 74
ГЛАВА 5 ОПРЕДЕЛЕНИЕ УРОВНЯ УСТОЙЧИВОСТИ ШТАММОВ
CТРЕПТОКОККОВ ГРУПП А, С И G К АНТИБАКТЕРИАЛЬНЫМ
ПРЕПАРАТАМ.............................................................................................................. 80
5.1 Чувствительность стрептококков, выделенных во Вьетнаме, к
антибактериальным препаратам различных классов ................................................ 80
5.2 Определение типа лекарственной устойчивости................................................. 82
5.3 Определение минимальной подавляющей концентрации эритромицина у
штаммов S. pyogenes...................................................................................................... 83
ГЛАВА 6 ВЫЯВЛЕНИЕ МОБИЛЬНЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ЭЛЕМЕНТОВ,
АССОЦИИРОВАННЫХ С ГЕНАМИ ВИРУЛЕНТНОСТИ И
АНТИБИОТИКОУСТОЙЧИВОСТИ, У ШТАММОВ СТРЕПТОКОККОВ
ГРУППЫ А .................................................................................................................... 85
6.1 Генетические детерминанты антибиотикоустойчивости у штаммов
стрептококков группы А .............................................................................................. 85
6.2 Полногеномное секвенирование штамма стрептококка группы А emm12
генотипа.......................................................................................................................... 87
6.3 Сравнительный анализ штаммов стрептококков группы А, выделенных в ЮгоВосточной Азии и России, по наличию генов, ассоциированных с мобильными
генетическими элементами .......................................................................................... 93
6.3.1 Результаты ПЦР скрининга азиатских и российских штаммов стрептококков
шруппы А на наличие генов, входящих в состав ICE-emm12 .................................. 93
6.3.2 Результаты ПЦР скрининга азиатских и российских штаммов стрептококков
группы А на наличие генов вирулентности, ассоциированных с профагами ........ 97
ГЛАВА 7 ВЫЯВЛЕНИЕ МОБИЛЬНЫХ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ЭЛЕМЕНТОВ,
АССОЦИИРОВАННЫХ С ГЕНАМИ АНТИБИОТИКОУСТОЙЧИВОСТИ, У
ИССЛЕДУЕМЫХ ШТАММОВ СТРЕПТОКОККОВ ГРУППЫ С И G.................. 99
4
7.1 Генетические детерминанты антибиотикоустойчивости у штаммов
стрептококков группы G .............................................................................................. 99
7.2 Генетические детерминанты антибиотикоустойчивости у штаммов
стрептококков группы C............................................................................................. 101
7.3 Новые мобильные генетические элементы, содержащие гены
антибиотикоустойчивости, у вьетнамских штаммов S. dysgalactiae subsp.
equisimilis, обнаруженные с помощью метода NGS................................................ 102
ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ .............................................................................. 108
ЗАКЛЮЧЕНИЕ ........................................................................................................... 117
ВЫВОДЫ..................................................................................................................... 119
ПРАКТИЧЕСКИЕ РЕКОМЕНДАЦИИ..................................................................... 120
ПЕРСПЕКТИВЫ ДАЛЬНЕЙШЕЙ РАЗРАБОТКИ ТЕМЫ .................................... 121
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ.............................. 122
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ........................................................................................... 123
