Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 11
Структурно-функциональные особенности организации плазмид биодеградации
1.1. Плазмиды биодеградации бактерий 11
1.2. Особенности организации катаболической плазмиды pJP4 Alcaligenes eutrophus JMP134 15
1.2.1. Особенности организации производных плазмиды pJP4 18
1.3. Другие плазмиды биодеградации ксенобиотиков 19
1.4. Трансмиссивные свойства плазмид биодеградации 24
ГЛАВА 2. Материалы и методы исследований
2.1. Объекты исследований 33
2.2. Идентификация штаммов 33
2.2.1. Идентификация штаммов по признакам морфологической, морфометрической, физиологической и биохимической дифференциации 33
2.2.2. Классификация бактерий по последовательности генов 16SpPHK 34
2.3. Рост культур в жидкой питательной среде и его учет 36
2.4. Определение количества хлорфеноксиуксусных кислот в культуральной жидкости 37
2.5. Идентификация продуктов метаболизма 2,4,5-Т 37
2.6. Выделение внехромосомных элементов геномов бактерий 38
2.7. Фракционирование препаратов ДНК в агарозном геле 39
2.8. Элиминация плазмид из клеток бактерий, индуцированная бромистым этидием 40
2.9. Фракционирование препаратов плазмидной ДНК методом гель фильтрации
2.10. Обработка препаратов плазмидной ДНК рестрикционными эндонуклеазами 41
2.11. Определение размеров фрагментов ДНК 41
2.12. Иммобилизация препаратов ДНК на мембранном фильтре 42
2.13. Получение препарата радиоактивной ДНК 42
2.14. Гибридизация препаратов ДНК на фильтре 43
2.15. Физико-химические свойства и область применения хлорфеноксиуксусных кислот (4-ХФУК, 2,4-Д, 2,4,5-Т) 43
ГЛАВА 3. Результаты и обсуждение
3.1. Морфологические, морфом етрические, физиологические и биохимические признаки штаммов IBRB-36 4CPA, IBRB-21SG, IBRB-22S и IBRB-2T 45
3.2. Филогенетическое положение штаммов IBRB-36 4СРА, IBRB- 59 21SG, IBRB-22S и IBRB-2T по данным секвенирования генов 16SpPHK
3.3. Динамика деградации хлорфеноксиуксусных кислот Citrobacter hydrophila IBRB-36 4СРА, Pseudomonas aeruginosa IBRB-21SG и Serratia marcescens IBRB-22S в периодической культуре
3.4. Идентификация и структурно-функциональный анализ плазмид штаммов Citrobacter hydrophila IBRB-36 4СРА, Pseudomonas aeruginosa IBRB-21SG и Serratia marcescens IBRB-22S
3.4.1. Получение сферопластов и выделение плазмид 70
3.4.2. Рестрикционное картирование плазмид рСНЗб 4СРА, рРА21 SG 74 и pSM22S
3.4.3. Локализация генетических детерминант катаболизма хлорфеноксиуксусных кислот на плазмидах рСНЗб 4СРА, pPA21SG и pSM22S 81
3.5. Анализ процессов катаболизма хлорфеноксиуксусных кислот 86 штаммов Citrobacter hydrophila IBRB-36 4СРА, Pseudomonas aeruginosa IBRB-21SG и Serratia marcescens IBRB-22S
3.6. Сравнительный анализ генов катаболизма хлорфеноксиуксусных кислот штаммов Citrobacter hydrophila IBRB-36 4СРА, Pseudomonas aeruginosa IBRB-21SG и Serratia marcescens IBRB-22S с плазмидои pJP4 штамма Alcaligenes eutrophus JMP134
Выводы 96
Список литературы 97
