Введение
Глава 1. Взаимодействие alu ретроэлментов и генома человека. обзор литературы 7
1.1 Структура и амплификация АЫ-ретроэлементов 7
1.2 Классификация А1и-ретроэлементов 10
1.3 Взаимодействие Alu-ретроэлементов и генома человека 13
1.3.1 Транскрипция Alu-ретроэлементов с собственного промотора способна влиять на транскрипцию близлежащих генов 13
1.3.2 Образование Alu-элементами вторичных структур меняет уровень транскрипции генов человека 14
1.3.3 Последовательность А1и способна определять структуру хроматина 14
1.3.4 Транспозиционная активность Alu-повторов - источник инсерционного мутагенеза в геноме человека 14
1.3.5 Последовательность Alu содержит сайты связывания целого ряда регуляторов транскрипции 17
1.3.6 Интеграции Alu в интроны способны приводить к нарушению нормального сплайсинга гена 20
1.3.7 Длинные поли(Т) последовательности интронных интеграции Alu вызывают образование укороченного транскрипта 22
1.3.8 Метилирование CpG динуклеотидов в составе А1и-последовательности влияет на экспрессию как отдельных генов, так и обуславливает полногеномный импринтинг 23
1.3.9 Редактирование РНК Alu-повторов 24
1.3.10 Транскрипты Alu-элементов способны оказывать влияние на трансляцию белков 25
1.3.11 Рекомбинация между Alu-ретротранспозонами может являться причиной локальных и обширных перестроек в геноме человека 26
Глава 2. Экспериментальная часть 31
2.1 Материалы 31
2.2 Методы 40
Глава 3. Результаты и обсуждения 51
3.1 Создание представительного набора полиморфных Аіи-маркеров, расположенных в интронах генов 51
3.1.1 Характеристика экспериментально идентифицированных Alu полиморфизмов 51
3.1.2 Создание интернет базы данных полиморфныхретроэлементов 53
3.2 Определение аллельного состояния клеточных линий по полиморфным штеграциям Alu 62
3.3 Сравнение относительного количества несплайсированных транскриптов аллелей генов, различающихся интронной инсерцией Alu 65
3.4 Анализ возможных причин снижения уровня транскрипта А1и-содержащего аллеля генов человека 71
3.4.1 Сравнительно-структурный анализ нуклеотидных последовательностей Alu элементов, проявляющих различную степень влияния на уровень экспрессии в разных клеточных линиях 72
3.4.2 Анализ связывания исследуемых локусов с ядерными белками 72
3.4.3 Оценка размеров интронного Alu элемента в составе гякДНК 76
Заключение 80
Выводы 81
Список литературы 82
Благодарности 97
