Введение
Глава 1. Белки с цинковыми пальцами – универсальные транскрипционные факторы эукариот 14
1.1. Общая структура, классификация семейства по типу доменов, днк и белок связывающая функции 14
1.2. Цинковые пальцы с2h2 типа 14
1.3 Участие в днк-белковых взаимодействиях 16
1.4. Участие в белок-белковых взаимодействиях 18
Глава 2. Классификация белков с цинковыми пальцами 21
2.1. Btb/poz-домен 21
2.2 krab-домен 25
2.3. Scan-домен 28
2.4. Семейство белков с zad-доменом у drosophila
2.4.1 Структура zad-домена 33
2.4.2 Биологическая значимость белков с zad-доменом 37
Материалы и методы 47
Глава 1. Методы работы с рекомбинантными белками 47
1.1. Использованные плазмиды 47
1.2 Экспрессия и очистка белков 47
1.3 Химическая сшивка белков глутаральдегидом 48
1.4 СО-осаждение рекомбинантных белков («pull down assay») 48
1.5 Анализ торможения в геле днк-белковых комплексов (emsa) 48
Глава 2. Методы работы с культурой клеток drosophila 49
2.1 Использованные плазмиды 49
2.2 кОиммунупрецепитация белков в s2 клетках 49
Глава 3. Метод Chip-SEQ 50
3.1 Сбор эмбрионов, иммунопреципетация хроматина 50
3.2 Секвенирование библиотеки 51
3.3 Биоинформатический анализ chip-seq данных 51
Глава 4. Использованные антитела 52
Глава 5. Методы работы с линиями мух D.Melanogaster 52
5.1 Использованные векторы 52
5.2 Получение трансгенных линий мух 53
5.3 Линии и мутации drosophila melanogaster, использованные в работе 54
5.4 Анализ полученных трансгенных линий мух 54
Глава 6. Методы работы с дрожжами 56
6.1 Дрожжевая двугибридная система 56
6.1.1 Использованные плазмиды 56
6.1.2 Использованный штамм дрожжей 56
6.1.3 Наращивание и трансформация дрожжей 57
6.2 Метод анализа дистанционных взаимодействий в дрожжах 58
6.2.1 Использованный штамм дрожжей 58
6.2.2 Использованные плазмиды 58
6.2.3 Интеграция плазмидной днк в геном дрожжей 59
Результаты 61
Глава 1. В эмбрионах дрозофилы белки zw5, pita, zipic преимущественно связываются с промоторами генов 61
Глава 2. Zad-домены белков pita, zipic, zw5 способны к специфической гомодимеризации в экспериментах in vitro 66
Глава 3. Zad-домены белков pita, zipic, zw5 способны к специфической гомодимеризации в экспериментах in vivo 70
Глава 4. Сайты связывания белков pita, zipic, zw5 способны сближать дистанционно расположенные участки в геноме drosophila Melanogaster 74
Глава 5. Дистанционные взаимодействия между сайтами связывания для разных zad-белков не поддерживаются 79
Глава 5. Сайты связывания белка zipic способны дистанционно Взаимодействовать в модельном организме saccharomyces cerevisiae. Обсуждение 88
Выводы 92
Благодарности 93
Список литературы 94
