Введение
2. Введение
2.1. Актуальность темы 7
2.2. Цель и задачи исследования 8
2.3. Научная новизна и практическая значимость 8
2.4. Научные публикации по итогам диссертационной работы
2.4.1. Статьи по теме диссертации 9
2.4.2. Тезисы научных конференций по теме диссертации 9
3. Обзор литературы. «модифицированные основания в ДНК» 11
3.1. Модифицированные основания в ДНК бактерий и их вирусов 12
3.1.1. Модифицированные основания в ДНК бактерий. 12
3.1.2. Модифицированные основания в ДНК бактериофагов 18
3.2. Модифицированные основания в геноме эукариот 20
3.2.1. Метилированные основания в геноме высших эукариот 20
3.2.2. Импринтинг и инактивация Х-хромосомы 25
3.2.3. Гипермодифицированные основания в геноме млекопитающих 28
3.2.4. Простейшие: модифицированные и гипермодифицированные основания 33
3.2.5. Наличие метиладенина в геноме эукариот 35
3.3. Заключение 39
4. Практическая часть. «разработка нового метода крупномасштабного поиска гипометилированных регуляторных участков в геномах эукариот» 40
4.1. Материалы и методы 40
4.1.1. Оборудование 40
4.1.2. Расходные материалы 40
4.1.3. Выделение и очистка ДНК 40
4.1.4. Олигонуклеотидные праймеры и суппрессионные адапторы 41
4.1.5. Молекулярное клонирование, скрининг библиотек 41
4.1.6. Бактериальные штаммы. Трансформация и культивирование 41
4.1.7. Эндонуклеазы рестрикции, рестрикция и лигирование 42
4.1.8. Полимеразная цепная реакция 43
4.1.9. Дуплекс-специфическая нуклеаза (ДСН)
4.1.10. Бисульфитная конверсия 44
4.1.11. Электрофорез в агарозном геле 44
4.1.12. Секвенирование 4.2. Теоретические основы метода 45
4.3. Выбор мобильных элементов 47
4.4. Получение пилотных клонотек 47
4.5. Применение nMETR для поиска гипометилированных последовательностей в геномной ДНК рака мочевого пузыря 52
4.6. Крупномасштабное секвенирование nMETR-библиотек 54
4.7. Бисульфитное секвенирование 56
4.8. Заключение 59
4.9. Экспериментальный анализ специфичной для человека открытой рамки считывания c11orf
5. Выводы 67
6. Список сокращений 68
7. Список литературы 69
8. Благодарности 82
