Введение
Глава 1. Хроматин 10
1.1. Структура и модификации гистонов 10
1.2. Классификации хроматина 11
Глава 2. Белковые комплексы, изменяющие структуру хроматина 13
2.1. Комплексы ремоделирования хроматина 13
2.1.1. Семейство SWI/SNF 14
2.1.2. Семейство ISWI 17
2.1.3. Семейство CHD 20
2.1.4. Семейство INO80 22
2.2. Комплексы, осуществляющие ковалентные модификации гистонов 23
2.2.1. Основные пострансляционные модификации хроматина 23
2.2.2. Гистонацетилтрансферазы (ГАТ) 26
2.2.3. Гистондеацетилазы (ГДА) 30
Глава 3. Координация процессов репликации и транскрипции хроматина 32
Глава 4. Регуляторные элементы генома 35
4.1. Проксимальные и дистальные регуляторные элементы 35
4.2. Инсуляторы
4.2.1. Доменная организация генома 37
4.2.2. Энхансер-блокирующие инсуляторы
4.2.2.1. Примеры энхансер-блокирующих инсуляторов 39
4.2.2.2. Модели функционирования энхансер-блокирующих инсуляторов 41
4.2.2.3. Роль инсуляторов в организации пространственной структуры ядра 43
4.2.2.4. Инсуляторы и эпигенетическое наследование признаков 43
4.2.2.5. Инсуляторы и импринтинг генетической информации 44
4.2.3 Барьерные инсуляторы 45
4.2.3.1. Примеры барьерных инсуляторов 45
4.2.3.2. Модели функционирования барьерных инсуляторов
Материалы и методы 47
1. Материалы 47
1.1. Штаммы и векторы Е. coli, использованные в работе 47
1.2. Среды для культивирования E.coli, среда для культивирования S2 клеток 47
1.3. Ферменты и реактивы 47
1.4. Буферные растворы 47
1.5. Клеточные линии 48
1.6. Линии мух D. melanogaster 48
1.7. Антитела з
1.8.Праймеры 48
1.9. Использованное программное обеспечение 50
2. Методы 51
2.1. Работа с E.coli. Клонирование плазмидных конструкций 51
2.2. Трансфекция эукариотических клеток 52
2.3. ПЦР; ПЦР в реальном времени (RT-PCR) 52
2.4. Выделение тотальной РНК из S2 клеток 52
2.5. Выделение геномной ДНК из S2 клеток 52
2.6. Получение кДНК 52
2.7. Получение двухцепочечной РНК 53
2.8. РНК-интерференция 53
2.9. Белковый гель-электрофорез 2.10. Western-блот анализ 53
2.11. Иммунопреципитация (осаждение белков антителами) 54
2.12. Иммунопреципитация хроматина (СЫР) 54
Результаты 57
1. Su(Hw) привлекает комплекс SAGA на сайты связывания Su(Hw) 57
2. Su(Hw) привлекает комплекс dSWI/SNF на сайты связывания Su(Hw) 62
3. Su(Hw) необходим для формирования областей с низкой плотностью нуклеосом 65
4. Комплекс узнавания ориджинов репликации (ORC) привлекается на сайты связывания Su(Hw) 66
5. Cdc45 привлекается на пре-репликативный комплекс на сайтах связывания Su(Hw) 70
6. $и{Нуі)-связьівающие сайты составляют значительную часть сайтов ORC в "синем" и "черном" типах хроматина 71
7. Рекрутирование комплексов SAGA, ВАР и ORC на сайты связывания Su(Hw) не зависит от типа окружающего хроматина 72
8. Искусственное привлечение Su(Hw) является достаточным для последующего рекрутирования комплексов SAGA, ВАР и ORC 75
9. Сайт связывания Su(Hw) определяет привлечение комплексов SAGA, ВАР и ORC 76
10. Su(Hw), CTCF, GAFuBEAF32 обладают сходными свойствами ремоделирования
хроматина и рекрутирования ORC 77
Обсуждение 79
Выводы 82
Список литературы
