Введение
Глава 1. Обзор литературы 9
1.1. Понятие атеросклероза, типы поражений 9
1.2. Активация макрофагов при атеросклерозе 12
1.3. Метаболизм ЛНП и активация макрофагов 18
1.4. Транскриптомный анализ 22
1.5. Влияние факторов транскрипции на фенотип макрофагов 24
1.6. Заключение 27
Глава 2. Материалы и методы 29
2.1. Доноры 29
2.2. Получение плазмы и сыворотки крови 30
2.3. Выделение суммарной фракции ЛНП из плазмы крови 30
2.4. Определение концентрации белка в препаратах ЛНП 31
2.5. Получение ацетилированных ЛНП 31
2.6. Получение препаратов окисленных ЛНП 32
2.7. Выделение и культивирование макрофагов человека 32
2.8. Определение содержания внутриклеточного холестерина 33
2.9. Определение клеточного белка 34
2.10. Фиксация клеток для конфокальной микроскопии 34
2.11. Конфокальная микроскопия 35
2.12. Правила забора и подготовки аутопсийного материала 35
2.13. Иммуногистохимическое окрашивание 35
2.14. Выделение РНК 36
2.15. Метод ПЦР в реальном времени 37
2.16. Секвенирование РНК 37
2.17. Анализ качества чтений и их предобработка 38
2.18. Картирование чтений на геном H. sapiens 40
2.19. Подсчет числа ридкаунтов 41
2.20. Поиск дифференциально экспрессирующихся генов (ДЭГ) 41
2.21. Функциональный анализ ДЕГ 42
2.22. Анализ сайтов связывания транскрипционных факторов 43
2.23. Прогноз образования комплексов сайтов связывания факторов транскрипции 43
2.24. Поиск мастер-регуляторов 44
2.25. Статистическая обработка 44
Глава 3. Результаты исследования 46
3.1. Оценка атерогенных свойств сыворотки крови больных ишемической болезнью сердца 46
3.2. Внутриклеточное распределение липидов при взаимодействии нативных и атерогенных ЛНП с макрофагами человека 48
3.3. Исследование экспрессии TNF и CCL18 в пораженной и непораженной интиме аорты человека 51
3.4. Исследование активации макрофагов при взаимодействии с атерогенными ЛНП 59
3.5. Исследование транскриптома нагруженных холестерином макрофагов: поиск генов, экспрессия которых меняется вследствие накопления холестерина 60
3.6. Исследование транскриптома нагруженных холестерином макрофагов: поиск генов, ответственных за накопление холестерина 66
Глава 4. Обсуждение результатов 78
4.1. Заключение 84
Выводы 86
Список сокращений 87
Список литературы 88
Список иллюстративного материала 102
Приложение 105
