Введение
1. Универсальные принципы структурной организации рибосом 10
1. Общая характеристика рибосом 10
2. Построение рибосом из двух неравных субчастиц. 10
3. Другие характерные особенности структуры рибосом 14
4. Разборка и самосборка рибосомных субчастиц 15
2. Взаимное расположение белков и РНК в 30s субчастице 18
3. Структура компонентов 30s субчастицы рибосом 27
1. Конформация I6S РНК в растворе и в составе 30S субчастицы 27
2. Состав и некоторые физико-химические характеристики рибосомных белков 30S субчастицы Е.соїі 31
3. Конформация рибосомных белков в составе 30S субчастицы рибосом 33
4. Конформация изолированных рибосомных белков в растворе 33
4. Выделение индивидуальных белков из 30S субчасти цы рибосом 46
1. Введение 46
2. Экстракция рибосомных белков из субчастиц 46
3. Ионообменная хроматография белков из 30S субчастицы рибосом 49
4. Сравнение методов выделения 52
5 Экспериментальная часть
1. Выращивание бактерий 55
2. Выделение рибосом 55
3. Выделение рибосомных субчастиц 56
4. Выделение тотального белка рибосомных 30S субчастиц методом экстракции 67% уксусной кислотой 57
5. Двумерный гель-электрофорез белков 30S субчастицы рибосом 58
6. Полиакриламидный гель-электрофорез рибосомных белков в К- ацетатном буфере рН 4,5 в присутствии 6,5 М мочевины 60
7. Полиакриламидный гель-электрофорез рибосомных белков в присутствии додецилсулъфата натрия в пластинах 61
8. Хроматографические процедуры при фракционировании белков рибосомной 30S субчастицы 63
9. Концентрирование белковых препаратов 64
10. Получение чистых препаратов индивидуальных рибосомных белков из малой 30S субчастицы рибосом 64
11. Выход индивидуальных белков и оценка чистоты полученных препаратов 76
12. Определение N-концевых аминокислот 77
13. Анализ аминокислотного состава белков 78
14. Равновесное центрифугирование 78
15. Приготовление белков для физических исследований 79
16. Определение концентрации белка в растворе 80
17. Вычисление коэффициентов молярной экстинкции. 80
18. Спектрофотометрические измерения 81
19. Измерение спектров кругового дихроизма 82
20. Определение вторичной структуры из спектров кругового дихроизма 83
21. Спектры протонного магнитного резонанса (ПМР) 85
22. Сканирующая микрокалориметрия 85
23. Нейтронное рассеяние 86
24. Малоугловое рассеяние рентгеновских лучей 87
6 Результаты и обсудцение
1. Растворимость рибосомных белков 91
1. Введение 91
2. Постановка задачи 91
3. Подбор буферов для оптических исследований рибосомных белков 92
4. Подбор буферов для изучения третичной струк туры рибосомных белков методами ПМР-спектроскопии и нейтронного рассеяния 993
5. Резюме 93
7. Спектры поглощения в ближней ультрафиолетовой области и коэффициенты молярной экстинкции индивидуальных рибосомных белков из 30S субчастицы 94
1. Постановка задачи 94
2. Спектры поглощения индивидуальных белков в ближней ультрафиолетовой области 95
3. Коэффициенты молярной экстинкции индивидуальных белков 30S субчастицы 104
8. Спектры кругового дихроизма индивидуальных белков 30S субчастицы рибосом 106
1. Введение 106
2. Постановка задачи 107
3. Характеристика спектров кругового дихроизма белков 30S субчастицы рибосом 108
4. Расчет содержания различных типов вторичной структуры белков 30S субчастицы рибосом 117
9. Третичная структура и компактность "сердцевинных" белков S4, S7, S8, S15 и S16 из малой субчас тицы рибосом E.coli в растворе 119
1. Введение 119
2. Конформация белка S4 в растворе 119
3. Конформация белка S15 в растворе 130
4. Конформация белка S7 в растворе 135
5. Конформация белка S8 в растворе 140
6. Конформация белка S16 в растворе 143
10. Обсуждение результатов 153
1. Спектры поглощения рибосомных белков 30S субчастицы 153
2. Вторичная структура рибосомных белков 30S субчастицы 154
3. Третичная структура сердцевинных белков S4, S7, S8, S15 и S16 157
4. Заключительные замечания 164
Выводы 166
