Введение
Глава 1. Обзор литературы 13
1.1 Эпидемиология инфекций, вызываемых K. pneumoniae 13
1.2 Гипервирулентные штаммы К. pneumoniae (hvKp): появление и распространение 15
1.2.1 Факторы, ассоциированные с вирулентностью hvKp-штаммов 16
1.2.2 Роль капсулы в патогенезе инфекций, вызванных hvKp-штаммами 19
1.2.3 Связь типа капсульного полисахарида и тяжести инфекций 21
1.2.4 Гиперпродукция капсульных полисахаридов 22
1.2.5 Антимикробная устойчивость hvKp-штаммов 25
1.3 Бактериофаги – общая характеристика 26
1.3.1 Бактериофаги порядка Caudovirales 29
1.3.2 Роль хвостового отростка в инициации адсорбции хвостатых бактериофагов 31
1.3.3 Фаговые полисахарид-деполимеразы 33
1.3.4 Практическое применение бактериофагов и фаговых ферментов для контроля бактериальных инфекций 35
1.3.5 Перспективы практического использования бактериофагов и фаговых полисахарид деполимераз для контроля инфекций, вызываемых бактериями вида K. pneumoniae 38
1.4 Заключение по обзору литературы 41
Глава 2. Материалы и методы 43
2.1 Методы исследования штаммов K. pneumoniae 43
2.1.1 Штаммы бактерий 43
2.1.2 Среды для культивирования и хранения бактериальных штаммов 43
2.1.3 Стринг-тест 43
2.1.4 Определение вирулентности K. pneumoniae для лабораторных животных 44
2.1.5 Определение капсульного типа штаммов K. pneumoniae 44
2.1.6 Выделение, очистка и изучение состава капсульных полисахаридов гипермукоидных штаммов K. pneumoniae 46
2.2 Методы исследования бактериофагов 47
2.2.1 Выделение, концентрирование и очистка бактериофагов 47
2.2.2 Определение титра бактериофагов методом агаровых слоев (метод Грациа) 47
2.2.3 Оценка литической активности бактериофагов 48
2.2.4 Определение параметров адсорбции бактериофагов на бактериальных клетках 48
2.2.5 Выделение и рестрикционный анализ фаговой ДНК 49
2.2.6 Полногеномное секвенирование ДНК бактериофагов 49
2.2.7 Биоинформационный анализ фаговых геномов 49
2.2.8 Оценка эффективности антибактериального действия фагового коктейля на гипермукоидные штаммы разных капсульных типов in vitro 50
2.2.9 Оценка эффективности фагов на модели клебсиеллезной инфекции мышей 50
2.3 Методы изучения фаговых полисахарид-деполимераз 51
2.3.1 Клонирование генов, кодирующих фаговые полисахарид-деполимеразы 51
2.3.2 Выделение рекомбинантных белков 54
2.3.3 Изучение активности и специфичности рекомбинантных фаговых полисахарид-деполимераз 55
2.3.4 Изучение механизма действия рекомбинантных фаговых полисахарид деполимераз 55
2.3.5 Оценка эффективности рекомбинантных фаговых полисахарид-деполимераз на модели клебсиеллезной инфекции мышей 56
Глава 3. Результаты и обсуждение 57
3.1 Характеристика штаммов K. pneumoniae 57
3.2 Выделение и характеристика бактериофагов, лизирующих K. pneumoniae 60
3.3 Исследования геномов бактериофагов 66
3.4 Капсулоспецифичные бактериофаги 70
3.5 Клонирование генов фаговых полисахарид-деполимераз 72
3.6 Активность и специфичность рекомбинантных полисахарид-деполимераз 76
3.7 Перспектива практического использования капсулоспецифичных бактериофагов и рекомбинантных фаговых полисахарид-деполимераз 79
Заключение 84
Выводы 89
Практические рекомендации 90
Список сокращений 91
Список источников литературы 94
Список работ, опубликованных по теме диссертации 117
