Введение
Глава I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 12
1.1. Взаимодействие матричной РНК с рибосомами 12
1.1.1. Введение 12
1.1.2. Условия комшюксообразования и стабильность комплексов 13
1.1.3. Взаимодействие мРНК с 16 S РНК 15
1.1.4. Роль белка S1 в процессе взаимодействия мРНК с рибосомой 17
1.1.5. Взаимодействие мРНК с рибосомными белками 23
1.1.6. Количественное изучение взаимодействия синтетических и естественных матриц с рибосомами 27
1.1.7. Выводы 33
1.2. Роль гипермодифицированных оснований, расположенных с 3*-стороны антикодона тРНК, в процессе биосинтеза белка 35
1.2.1. Введение 35
1.2.2. Роль гипермодифицированных оснований в амино-ацилировании и во взаимодействии с EF-Tu фактором 36
1.2.3. Влияние модификации 3-соседнего основания антикодона на взаимодействие комплементарных оли-гонуклеотидов с антшсодоном тРНК 37
1.2.4. Влияние модификации 3-соседнего антикодону основания на, взаимодействие тРНК с комплементарными антикодонами 38
1.2.5. Влияние гипермодифицированного основания на взаимодействие тРНК с рибосомами 43
1.2.6. Неспособность модифицированных оснований образовывать пары Крика-Уотсона 47
1.2.7. Модифицированные основания участвуют в связывании иона магния, расположенного в антикодоновой петле тРНК 48
1.2.8. Выводы 52
1.3. Заключение. Задачи данного исследования 54
Глава II. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЕ МЕТОДИКИ 56
2.1. Выращивание клеток для выделения рибосом и тРНК 56
2.2. Выделение рибосомальных субчастиц 57
2.2.1. Выделение неочищенных 70 S рибосом 57
2.2.2. Выделение рибосомальных 30S и 50S субчастиц .. 57
2.3. Выделение фракции суммарных аминоацил-тРНК синтетаз 58
2.3.1. Выделение фракции суммарных аминоацил-тРНК син-тетаз из E.coll 58
2.3.2. Выделение фракции суммарных аминоацил-тРНК син-тетаз из дрожжей 61
2.4. Выделение транспортной РНК 62
2.4.1. Выделение немеченной тРНК 62
2.5. Препаративное аминоацилирование тРНК 64
2.5.1. Препаративное аминоацилирование тРНК из E.coll 64
2.5.2. Препаративное аминоацилирование тРНК из дрожжей 64
2.6. Обогащение фенилаланил-тРНК из Е. со 11 64
2.7. Обогащение фенилаланил-тРНК из дрожжей 65
2.8. Обогащение фенилаланил-тРНК из дрожжей, лишенной Y-основания 68
2.9. Химический синтез N -ацетил- Phe-тРНК 71
2.10. Выделение фракции поли(и) со средней молекулярной массой 30 000 дальтон 71
2.11. Выделение фракционированной [ Н] поли(и) .... 72
2.12. Выделение рибосомного белка S1 и 30S субчастиц , обедненных по этому белку 73
2.13. Связывание [Н]поли(и) с 30 S субчастицами и 70S рибосомами 74
2.14. Измерение связывания тРНК с рибосомами 77
Глава III. КОЛИЧЕСТВЕННОЕ ИЗУЧЕНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ПОЛИУРИДИЛОВОЙ КИСЛОТЫ С 30S СУБЧАСТИЦАМИ И 70S РИБОСОМАМИ Escherichia coll 79
З. I. Цель исследования 79
3.2. Причины гетерогенности комплекса субчастица 80
3.3. Измерение изотермы адсорбции [ Н] поли(и) с белком S1 83
3.4. Влияние внешних условий на стабильность комплекса [ЗОБсубчастица + поли(и )] 3.5. Связывание [Н]поли(U ) с 70S рибосомами .... 93
3.6. Влияние канамицина на взаимодействие [ Н] поли( U ) с 70S рибосомами 99
3.7. Обсуждение результатов 99
3.8. Выводы НО
Глава ІV. ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ РАЗЛИЧНЫХ ВИДОВ АМИНОАЦИЛ-И ПЕПТИДИЛ-тРНК С Р САЙТОМ 70 S РИБОСОМ Escherichia coll 112
4.1. Цель исследования 112
4.2. Взаимодействие Phe-тРНК^ ,. и N -ацетил- E.COIL Phe-тРНК ;, ,. с Р сайтом рибосом E.coli
4.2.1. Дискриминация связывания аминоацил-тРНК и пептцдил-тРНК с А и Р сайтами 70 S рибосом ИЗ Phe
4.2.2. Измерение констант ассоциации 70S-TPHK и N -ацетил- Phe-тРНК е с Р сайтом 70 S рибосом 116
4.3. Связывание Phe-тРНК+у и N-ацетил-PheтРНК±уЄ с рибосомами E.coli 121
4.3.1. Взаимодействие Phe-TPHK±yC с 30S субчастицами 121
4.3.2. Дискриминация связывания Phe-тРНК+у и N -ацетил- Phe-тРНК +у с А "и Р сайтами 70 S рибосом 123
4.3.3. Измерение констант ассоциации Phe -тРНК+у и N -ацетил- Phe-тРНК ±у с Р сайтом 70 S рибосом 127
4.4. Обсуждение результатов 138
4.5. Выводы 145
ОБЩИЕ ВЫВ0ДД 147
ПРИЛОЖЕНИЕ 150
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ 152
