Введение
Глава 1. Обзор литературы «Пост-транскрипционное редактирование мРНК» 12
1.1. Виды редактирования 12
1.2. Трипаносомы - возбудители сонной болезни 15
1.3. Особенности клеточной структуры и генома трипаносом 19
1.4. Эволюция редактирования РНК 21
1.5. РНК, направляющие редактирование мРНК 22
1.6. Механизм редактирования - модели ранние и модель современная 24
1.7. Ферменты, катализирущие редактирование мРНК в трипаносомах, образуют комплекс 29
1.8. Идентификация компонентов ферментативного комплекса редактирования 32
1.9. Циклы U-делеции и U-вставки 34
Глава 2. Материалы и методы 37
2.1. Реактивы 37
2.2. Ферменты 39
2.3. Изотопы 40
2.4. Материалы 40
2.5. Матрицы, использованные в реакциях ПЦР 40
2.6. Олигонуклеотиды и олигорибонуклеотиды 41
2.7. Линия трипаносом 42
2.8. Среда и условия выращивания Т. brucei 43
2.9. Антитела для иммуноблотинга 44
2.10. Растворы 44
2.11. Методы 45
2.11.1. Выделение митохондриального экстракта из Т. brucei и его дальнейшая очистка 45
2.11.2. Конструирование плазмид для трансформации 45
2.11.3. Проведение трансформации 46
2.11.4. Характеристика экстрактов с помощью Норзерн и Вестерн блот анализов 47
2.11.5. Получение мРНК и гРНК 48
2.11.6. Мечение и секвенирование полученных РНК 49
2.11.7. Полный цикл реакций редактирования 50
2.11.8. Анализ «затравленного» удлинения праймера 51
2.11.9. Анализ двух первых стадий в обоих циклах редактирования 51
2.11.10. Подтверждение формирования дуплекса между мРНК и гРНК 52
2.11.11. Предрасщепленный анализ редактирования 52
2.11.12. Проведение анализа аденилирования 53
2.11.13. Количественный анализ 54 Глава 3. Результаты и обсуждения 55
3.1. Критичные элементы гРНК для редактирования мРНК 57
3.2. Функции РНК-лигаз комплекса редактирования 65
3.3. Ферментативная активность, относящаяся к одному виду редактирования, может также функционировать в другом виде редактирования 73
3.3.1. DREL может функционировать в процессе U-вставки 73
3.3.2. Фермент U-вставки (TUTase) функционирует в цикле U-делеции при добавлении UTP 76
3.4. Заключение 90
Выводы 94
Список публикаций 95
Благодарности 97
Список цитируемой литературы 98
