Введение
Глава 1. Исследование бета-изгиба бета-шпильки IIs-типа 28
1.1. Структурные характеристики ЭНЗ-домена альфа-спектрина 30
1.2. Замыкание цикла путем перебора пар двугранных углов и оптимизации невязки 35
1.3. Замыкание цикла с использованием геометрии расстоянии 40
1.4. Оценка степени «запрещенное» конформации (3-изгиба П -типа 43
Глава 2. STRONG Универсальная процедура получения статистических потенциалов для бивалетных
катионов STRONG 47
2.1. Локализация ионов и определение типа ионов в структурах белковых глобул. Случай наиболее распространенных ионов (Zn2+, Са2+, Mg2+) 51
2.2. Сравнение с имеющимися методами 57
2.3. Соответствие полученных потенциалов экспериментальным данным 59
2.4. Предсказание наличия сайта связывания в структуре белка 62
2.5. Тестирование статистических потенциалов. Скользящий контроль 64
2.6. Ионы с ограниченной статистикой для обучения 65
2.7. Тестирование метода локализации ионов в апо-формах белков 69
2.8. Тестирование алгоритма для апо-форм белков, принадлежащих различным классам SCOR 75
2.9. Сравнение результатов расчета в апо-формах белков с результатами известных методов 77
2.10. Тестирование алгоритма для апо-структур белков, полученных в результате моделирования in silico 79
Глава 3. Локализация ионов и определение типа ионов в структурах РНК 83
Обсуждение 89
Выводы 90
Список принятых сокращений 91
Литература 92
