Введение
Глава 1 Современное состояние и проблемы эпидемиологического надзора за ВИЧ-инфекцией 31
1.1 Современная эпидемиологическая ситуация по ВИЧ-инфекции в Российской Федерации и Приволжском федеральном округе 31
1.2 Методы, компоненты и особенности системы эпидемиологического надзора за ВИЧ-инфекцией в России 35
1.3 Проблемы современного эпидемиологического надзора за ВИЧ-инфекцией и пути их решения .39
Глава 2 Молекулярно-генетические методы в надзоре за ВИЧ-инфекцией 44
2.1 Молекулярно-генетические методы в надзоре за популяцией возбудителя (ВИЧ) 49
2.1.1 ДНК-диагностика ВИЧ-инфекции 50
2.1.2 РНК-диагностика ВИЧ-инфекции .51
2.1.3 Определение субтиповой структуры ВИЧ-1 52
2.1.4 Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей генома ВИЧ 56
2.1.5 Мониторинг штаммов ВИЧ, резистентных к антиретровирусным препаратам 59
2.1.6 Исследование тропизма ВИЧ 63
2.2 Молекулярно-генетические методы в надзоре за ВИЧ-инфекцией (макроорганизменный уровень) 66
2.2.1 Изучение распространенности мутантной аллели ССR532 67
2.2.2 Выявление аллели 5701 локуса В главного комплекса гистосовместимости человека (HLA-B 5701) 68
2.2.3Определение уровня клеточных популяций СD4+, CD8+ Т-лимфоцитов 71
Глава 3 Геоинформационные технологии в эпидемиологическом надзоре .75
Результаты собственных исследований 79
Глава 4 Организация исследования, материалы и методы .79
Глава 5 Характеристика эпидемического процесса ВИЧ-инфекции в Приволжском федеральном округе 92
5.1 Предэпидемический период в развитии эпидемического процесса ВИЧ-инфекции в ПФО (1988-1995гг.) .92
5.2 Период эпидемии в развитии эпидемического процесса ВИЧ-инфекции в ПФО (1996-2015гг.) .98
5.3 Мониторинг смертности и летальности ВИЧ-позитивных в различные периоды эпидемического процесса ВИЧ-инфекции в ПФО 114
5.4 Оценка тенденций развития эпидемического процесса ВИЧ-инфекции по результатам сероэпидемиологического скрининга населения округа .124
Глава 6 Молекулярно-генетический мониторинг ВИЧ-инфекции в Приволжском федеральном округе .145
6.1 Анализ распространенности первичной резистентности ВИЧ к антиретровирусным препаратам 146
6.2 Анализ распространенности вторичной резистентности ВИЧ к антиретровирусным препаратам .149
6.3 Молекулярно-эпидемиологический мониторинг субтипов ВИЧ-1 в субъектах округа .171
6.4 Распространенность мутаций резистентности в различных субтипах ВИЧ-1 в ПФО 182
6.5 Частота носительства аллели HLA-B 5701 у ВИЧ-инфицированных пациентов в субъектах округа .185
6.6 Применение молекулярно-генетических методов в эпидемиологическом надзоре за ВИЧ-инфекцией в изолированных коллективах (учреждения пенитенциарной системы) 187
6.7 Оценка качества проведения преаналитического этапа исследований в мониторинге лекарственной устойчивости ВИЧ в территориальных центрах по профилактике и борьбе со СПИД и ИЗ Приволжского федерального округа .196
6.7.1 Особенности организации преаналитического этапа в проведении лабораторных исследований лекарственной устойчивости ВИЧ 197
6.7.2 Результаты реализации комплексной программы по оценке организации мероприятий преаналитического этапа исследований в мониторинге лекарственной устойчивости ВИЧ в субъектах округа .201
Глава 7 Расследование случаев инфицирования ВИЧ в эпидемических очагах ВИЧ-инфекции с использованием молекулярно-генетических методов 213
7.1 Очаг №1. Молекулярно-генетическая экспертиза случая возможного инфицирования ВИЧ при оказании медицинской помощи 215
7.2 Очаг №2. Молекулярно-генетическая экспертиза случая возможного профессионального инфицирования ВИЧ 219
7.3 Очаг №3. Молекулярно-генетическая экспертиза случая возможного профессионального инфицирования ВИЧ .223
7.4 Очаг №4. Молекулярно-генетическая экспертиза случая криминального заражения ВИЧ-инфекцией (в рамках уголовного дела) 227
7.5 Очаг №5. Молекулярно-генетическая экспертиза случая возможного инфицирования ВИЧ при бытовом гемоконтакте .230
Глава 8 Геоинформационный проект «Электронный эпидемиологический атлас Приволжского федерального округа». Раздел «ВИЧ-инфекция 233
8.1 Разработка электронного эпидемиологического атласа ПФО 235
8.2 Раздел «ВИЧ-инфекция» электронного эпидемиологического атласа ПФО 237
8.3 База данных раздела «ВИЧ-инфекция» электронного эпидемиологического атласа ПФО 255
8.3.1 Структура информационных таблиц в базе данных раздела «ВИЧ-инфекции» электронного эпидемиологического атласа ПФО 257
8.3.2 Алгоритм взаимосвязи информационных таблиц в базе данных раздела «ВИЧ-инфекция» электронного эпидемиологического атласа ПФО 260
8.3.3 Содержание базы данных раздела «ВИЧ-инфекция» электронного эпидемиологического атласа ПФО 261
Заключение 269
Выводы .284
Практические рекомендации 288
Перспективы дальнейшей разработки темы 290
Список сокращений .291
Список литературы 293
Список иллюстративного материала .334
Приложение 1 - Анкета «Особенности преаналитического этапа при выполнении молекулярно-генетических и иммунологических исследований» .341
