Введение
1. Обзор литературы 8
1.1. Систематика льна 8
1.2. Происхождение льна 8
1.3. Лен в текстильной промышленности 9
1.4. Лен как источник масла 10
1.5. Растениеводство льна 12
1.6. Молекулярно-генетические исследования льна
1.6.1. Структура генома L. usitatissimum 12
1.6.2. Генетические маркеры L. usitatissimum 13
1.6.3. Устойчивость L. usitatissimum к фитопатогенам 14
1.6.4. Молекулярно-генетический контроль промышленных свойств L. usitatissimum
1.6.5. Ответ L. usitatissimum на абиотический стресс 16
1.6.6. Генотрофы 17
1.6.7. Роль 5S рРНК в формировании генотрофов 18
1.7. Роль миРНК в ответе на абиотический стресс у растений 19 24
1.7.1. Биогенез микроРНК 19
1.7.2. Методы идентификации миРНК 21
1.7.3. МиРНК, участвующие в ответе на недостаточное или несбалансированное питание
1.7.4. МиРНК, участвующие в ответе на засуху, засоление и другие абиотические стрессы
2. Материалы и методы 30
2.1. Растительный материал 30
2.2. Выделение ДНК 33
2.3. Выделение РНК 34
2.4. ПЦР на LIS-1 35
2.5. SSAP анализ 35
2.6. Подготовка библиотек миРНК для секвенирования 36
2.7. Подготовка библиотек мРНК для секвенирования 39
2.8. Секвенирование на библиотек кДНК на приборе Illumina Genome Analyzer IIx
2.9. Биоинформатическая обработка данных секвенирования 45
2.10. Обработка данных секвенирования миРНК 46
2.11. Идентификация миРНК, кодируемых LIS-1 47
2.12. Анализ экспрессии миРНК 47
2.13. Обработка данных секвенирования мРНК 47
2.14. Обратная транскрипция миРНК 48
2.15. Обратная транскрипция мРНК 48
2.16. Количественная ПЦР миРНК и мРНК 49
2.17. Выбор контрольных генов и обработка данных количественной ПЦР 52
3. Результаты и обсуждение 53
3.1. Генотрофы льна 53
3.2. SSAP анализ 54
3.3. МиРНК 56
3.3.1. Консервативные миРНК
3.3.2. Потенциальные уникальные миРНК 60
3.3.3. МиРНК, кодируемые LIS-1 и фланкирующими ее участками 62
3.3.4. Анализ экспрессии миРНК на основе данных высокопроизводительного секвенирования 72
3.4. Выбор контрольных генов для количественной ПЦР 64
3.5. Анализ экспрессии миРНК методом количественной ПЦР 66
3.6. Потенциальные целевые гены исследованных миРНК 70
3.7. Секвенирование мРНК растений льна, выращенных в N, P и NPK условиях .
3.8. Анализ уровня мРНК на основе данных высокопроизводительного секвенирования
3.9. Анализ экспрессии мРНК методом количественной ПЦР 74
3.10. Поиск мРНК, потенциально экспрессирующихся с инсерции LIS-1 и фланкирующих ее последовательностей
Заключение 81
Выводы 82
Список литературы
