Введение
1. Обзор литературы 13
1.1. Основные семейства арбовирусов, циркулирующих на территории Северной Евразии 13
1.1.1. Семейство Bunyaviridae 13
1.1.1.1. Род Orthobunyavirus 17
1.1.1.1.1. Структура генома и особенности молекулярной биологии ортобуньявирусов 27
1.1.1.2. Род Nairovirus 30
1.1.1.2.1. Структура генома и некоторые особенности молекулярной биологии наировирусов 46
1.1.1.3. Род Hantavirus 50
1.1.1.4. Род Phlebovirus 53
1.1.1.5. Негруппированные буньявирусы
1.1.2. Семейство Flaviviridae 65
1.1.2.1. Род Flavivirus 67
1.1.3. Семейство Reoviridae 81
1.1.3.1. Род Orbivirus 82
1.1.4. Семейство Orthomyxoviridae
1.1.4.1. Род Thogotovirus 91
1.1.4.2. Род Qaranjavirus
1.1.5. Семейство Picornaviridae 94
1.1.5.1. Род Cardiovirus 96
1.1.6. Семейство Togaviridae 98
1.1.6.1. Род Alphavirus 99
1.1.7. Семейство Arteriviridae 101
1.1.7.1. Род Simarterivirus 101
1.2. Технология массового параллельного секвенирования (NGS) в
изучении вирусных геномов 106
2. Материалы и методы 112
2.1. Вирусы, использованные в работе 112
2.2. Реизоляция вирусов на новорожденных мышах сосунках 120
2.3. Культивирование вирусов на культуре клеток 120
2.4. Иммуногистохимия 121
2.5. Выделение РНК 122
2.6. Приготовление кДНК библиотек для секвенирования 123
2.7. Обработка результатов и биоинформационный анализ данных 124
2.8. Филогенетический анализ 126
2.9. Полимеразная цепная реакция и секвенирование 128
2.10. Секвенирование концевых последовательностей генома 129
3. Полученные результаты 131
3.1. Генетическая характеристика, филогения и таксономия вирусов семейства Bunyaviridae 131
3.1.1. Вирусы рода Nairovirus, циркулирующие в России и других регионах мира 131
3.1.2. Генетическая характеристика, филогения и таксономия вирусов рода Orthobunyavirus. 1 3.1.2.1. Генетическая характеристика вирусов серогруппы Буньямвера (Bunyamwera), циркулирующих на территории России 168
3.1.2.2. Генетическая характеристика вирусов серогруппы Калифорнийского энцефалита (California encephalitis), циркулирующих на территории России 178
3.1.2.3. Разработка лабораторного варианта универсальной тест-системы для детекции вирусов Калифорнийской серогруппы методом ПЦР в реальном времени 183
3.1.3. Молекулярно-генетические и биологические характеристики вируса Хурдун (Khurdun virus, KHURV), представителя предположительно нового рода “Khurduvirus” семейства Bunyaviridae 188
3.1.4. Генетическая характеристика, филогения и таксономия клещевых вирусов рода Phlebovirus, изолированных в Северной Евразии 198
3.2. Генетическая характеристика некоторых вирусов рода Flavivirus (семейство Flaviviridae), циркулирующих на территории Северной Евразии 212
3.2.1. Анализ новых штаммов вирусов антигенного комплекса клещевого энцефалита, изолированных в России и Средней Азии 212
3.2.2. Генетическая характеристика вирусов серогруппы Тюлений (группа клещевых флавивирусов, связанных с клещами морских птиц, Seabird tick-borne flaviviruses, seabird TBFV) 215
3.2.3. Генетическая характеристика вируса Сокулук (Sokuluk virus, SOKV), серогруппа летучих мышей Энтеббе (Entebbe bat) 219
3.2.4. Разработка лабораторного варианта тест-системы для генотипирования вируса Западного Нила методом ПЦР 221
3.3. Семейство Reoviridae. Генетическая характеристика клещевых вирусов рода Orbivirus, изолированных в России и Средней Азии 226
3.4. Генетическая характеристика вирусов Баткен (род Thogotovirus) и Тюлек (род Qaranjavirus), принадлежащих семейству Orthomyxoviridae 234
3.5. Генетическая характеристика вируса Кызыл-Агач (род Alphavirus, cемейство Togaviridae) 239
3.6. Генетическая характеристика вируса лихорадки Сыр-Дарьи (род Cardiovirus, семейство Picornaviridae) 243
3.7. Генетическая характеристика вируса геморрагической лихорадки обезьян, изолят Сухуми-64 (ГЛО, Simian hemorrhagic fever virus, SHFV) 247
4. Обсуждение полученных результатов 252
5. Выводы 280
Список цитированной литературы 283
