Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы 14
1.1. Атеросклероз как основной компонент сердечно-сосудистых заболеваний 14
1.2. Морфология нормальной и пораженной атеросклерозом артерии 17
1.3 Основные теории возникновения атеросклероза 21
1.4 Современные представления о патогенезе атеросклероза 26
1.5. Эпигенетические модификации генома 32
1.5.1 Метилирование ДНК и его биологическая роль 34
1.5.2. Метилирование генома при атеросклерозе 38
1.5.3. Локус-специфическое метилирование ДНК при атеросклерозе... 40
ГЛАВА 2. Материал и методы исследования
2.1. Дизайн исследования, объем и структура материала 47
2.2. Клиническая характеристика больных 47
2.3. Формирование банка тканей 49
2.4. Выделение ДНК 50
2.5. Бисульфитная модификация ДНК 51
2.6. Анализ метилирования ДНК на биологических микрочипах
2.6.1. Биоинформационная обработка данных 53
2.6.2. Анализ дифференциального метилирования 58
2.6.3. Аннотирование результатов микрочипового исследования
2.7. Бисульфитное пиросеквенирование 60
2.8. Статистический анализ результатов 65
ГЛАВА 3. Результаты и обсуждение 67
3.1. Общая характеристика профилей метилирования ДНК по результатам микрочипового анализа
3.2. Анализ дифференциального метилирования ДНК в группах тканей, исследованных с помощью биологических микрочипов 74
3.2.1. Сравнение уровней метилирования отдельных CpG-сайтов между атеросклеротическими бляшками и непораженными тканями артериальной стенки 74
3.2.2. Сравнение уровней метилирования отдельных CpG-сайтов между внутренними грудными артериями и большими подкожными венами нижних конечностей 98
3.3. Подтверждающее исследование уровней метилирования отдельных CpG-сайтов генов-кандидатов в тканях сосудистой стенки и лейкоцитах периферической крови у больных атеросклерозом 105
3.3.1. Уровень метилирования промоторного региона гомеобоксногогенаЯ0Ж4имикроРНК(М 705) 106
3.3.2. Уровень метилирования промотора/экзона 1а гена мезодерм специфичного транскрипта {PEG1/MEST) 112
3.3.3. Уровень метилирования 11 экзона гена апоптоз ассоциированной тирозинкиназы (ААТК) 117
Заключение 124
Выводы 131
Список литературы
