Введение
Промоторы и промотор-подобные участки Escherichia coli, как сигналы для взаимодействия с РНК-полимеразой (обзор литературных данных)
1. Транскрипционный аппарат кишечной палочки
2. Струкутура и функциональные особенности «промоторных островков»
3. Горизонтальный перенос генов
Материалы и методы
1. Бактериальные геномы и геномные области
2. Бактериальные штаммы
3. Получение штаммов с заменой ранее перенеснных генов на их ортологи из геномов потенциальных доноров
4. Условия роста
5. Используемые праймеры
6. Фракционирование и очистка фрагментов ДНК
7. Выделение суммарной фракции клеточной РНК
8. Синтез кДНК
9. Количественная ПЦР в реальном времени
10. Регистрация коротких РНК, синтезируемых с «островковых промоторов»
11. Подготовка библиотек и секвенирование
12 Анализ данных секвенирования
13. Оценка внутривидового полиморфизма нуклеотидных последовательностей
14. Оценка частоты и характеристика спектра спонтанных мутаций в популяциях хронически растущих клеток (эксперимент Р. Ленского)
Результаты и их обсуждение
1. Сравнительный анализ «промоторных островков» с АТ-богатыми последовательностями в геноме E. coli
2. Белок H-NS как ингибитор транскрипции «промоторных островков»
3. Выбор генов для искусственного горизонтального переноса, рекомбинация, и анализ экспрессии интегрированных генов в условиях хронического роста
4. Анализ нуклеотидных последовательностей в области интеграции рекомбинантных генов sfmA и ydhZ
5. Сравнительный анализ внутривидового полиморфизма и вариабельности нуклеотидных последовательностей для «промоторных островков», обычных промоторов и контрольных фрагментов генома
Заключение
Выводы
Список публикаций по теме диссертации
Список литературы
