Введение
Глава 1. Обзор литературы 14
1.1 Мобильные элементы 14
1.2 Классификация мобильных элементов 15
1.3 Особенности структуры и процессы перемещения non-LTR ретротранспозонов 1.3.1 Ретротранспозон Bov-B LINE 18
1.3.2 История открытия ретротранспозона Bov-B LINE 19
1.3.3 Особенности структуры и распространённость ретротранспозона Bov-B LINE 20
1.3.4 Особенности, функциональная и эволюционная роль
апуриновой/апиримидиновой эндонуклеазы и обратной транскриптазы у эукариот 1.4 Горизонтальный перенос 29
1.5 Использование ретротранспозонов в качестве генетических маркеров 33
1.6 Использование микросателлитных ДНК в качестве генетических маркеров 34
1.7 Однополые позвоночные 35
1.8 Партеногенетические виды рептилий 37
1.9 Партеногенетические Кавказские скальные ящерицы рода Darevskia 1.9.1 Биогеография 39
1.9.2 Происхождение партеновидов 41
1.9.3 Изучение генетической изменчивости и клонального разнообразия 43
1.9.4 SINE-маркеры для изучения филогении у рептилий 45
Глава 2. Материалы и методы 47
2.1 Коллекционные образцы ДНК 47
2.2 Методы исследования 47
2.2.1 ПЦР-амплификация 47
2.2.2 Электрофоретическое фракционирование ПЦР-амплификантов в агарозном геле 48
2.2.3 Фракционирование продуктов в ПААГ 49
2.2.4 Выделение амплификантов из геля и получение рекомбинантных ДНК 50
2.2.5 Молекулярное клонирование рекомбинантных ДНК в клетках E. coli 50
2.2.7 Секвенирование рекомбинантных клонов 52
2.3 Статистическая и биоинформатическая обработка данных 52
Глава 3. Результаты 54
3.1 Определение первичной структуры ДНК ретротранспозона Bov-B LINE у трёх видов ящериц рода Darevskia 54
3.2 Анализ внутри- и межгеномного полиморфизма ретротранспозона Bov-B LINE у партеновида D. unisexualis и предполагаемых родительских видов D. nairensis и D. valentini. 61
3.3 Филогенетическая дифференциация трёх видов ящериц на основании полиморфизма Bov-B LINE 71
3.4 Филогенетические взаимосвязи между ящерицами рода Darevskia и другими рептилиями, выявленные на основании полиморфизма Bov-B LINE 77
3.5 Сравнение нуклеотидных последовательностей и анализ внутри- и межгеномного полиморфизма микросателлитного локуса Du47D ядерного генома у однополых и двуполых видов ящериц Darevskia 79
3.6 Анализ физико-химических свойств аминокислотных замещений в доменах AP-EN и RT ретротранспозона Bov-B LINE у трёх видов ящериц Darevskia 83
Глава 4. Обсуждение результатов 105
Заключение 117
Выводы 119
Список литературы
