Введение
Глава 1. Обзор литературы 12
1.1 Организация хроматина 12
1.2 Локальная и глобальная регуляция транскрипционной активности хроматина 12
1.2.1 Неактивный хроматин у D. melanogaster 16
1.2.1.1 Pc-опосредованная инактивация 17
1.2.1.1 Pc-опосредованная инактивация 18
1.2.2 Типы хроматина у D. melanogaster 18
1.3 Репликация ДНК и ее связь с транскрипционной активностью хроматина 23
1.3.1 Регуляция времени репликации 23
1.3.1.1 Регуляция времени репликации –глобинового локуса млекопитающих 23
1.3.1.2 Регуляция времени репликации Igh локуса грызунов 24
1.3.1.3 Глобальная регуляция времени репликации при дифференцировке клеток 25
1.3.1.4 Исследования времени репликации ДНК в культивируемых in vitro клетках дрозофилы 26
1.3.2 Время репликации и транскрипционная активность 27
1.3.3 Механизм репликации ДНК 29
1.3.4 Эндорепликация 29
1.3.5 Недорепликация политенных хромосом у D. melanogaster 34
1.4 Влияние белка SUUR на процесс репликации хромосом D. melanogaster 39
1.5 Ассоциация белка SUUR с транскрипционно неактивным хроматином D. melanogaster 39
1.6 Заключение 41
Глава 2. Материалы и методы 42
2.1 Создание набора генов для изучения районов недорепликации 42
2.2 Выявление районов, обладающих свойствами районов недорепликации 43
2.3 Выделение РНК и анализ экспрессии генов в развитии 45
2.4 Метод DamID 49
2.5 Молекулярное клонирование 51
2.6 Генетическая трансформация дрозофилы 55
2.7 Процедура DamID 56
2.8 Биоинформатическая обработка данных 58
Глава 3. Результаты 63
3.1 Связывание белка SUUR с районами недорепликации политенных хромосом слюнных желез D. melanogaster 63
3.2 Организация генов в районах недорепликации 68
3.2.1 Районы недорепликации характеризуются низкой плотностью генов 68
3.2.2 Районы недорепликации обогащены семенник-специфичными генами 71
3.2.3 Предсказание районов недорепликации 74
3.3 Динамика связывания SUUR в развитии 76
3.4 Связь динамики белка SUUR c экспрессией генов в развитии 80
3.5 Динамика белка SUUR в контексте изменения состояния хроматина в развитии 86
Глава 4. ОБСУЖДЕНИЕ 93
4.1 Особенности генетической организации районов, обогащенных белком SUUR 93
4.2 Динамика связывания белка SUUR и регуляция генов 98
4.3 Динамика SUUR в разных типах хроматина 101
Выводы 103
Список литературы 104
