Введение
Обзор литературы. 8
Введение. Обзор методов диагностики фитопатогенов 8
Иммунохимические методы 10
Методы, основанные на гибридизации нуклеиновых кислот 13
Микрочипы (microarray) 14
ДНК маркеры 15
Выбора локуса для видовой дифференциации SCAR-маркерами 19
Методы диагностики, основанные на амплификации нуклеиновых кислот. 21
Полимеразная цепная реакция (ПЦР) ...21
Альтернативные методы амплификации нуклеиновых кислот 33
Методы с флуоресцентной детекцией результатов амплификации 38
Различные подходы к флуоресцентной детекции результатов ПЦР 39
Методы с флуоресцентой детекцией результатов после амплификации 46
Флуоресцентная детекция результатов в других системах амплификации 47
Краткая характеристика фитопагогенов 47
Материалы и методы. 66
Реактивы, оборудование и штаммы микроорганизмов 66
Выделение нуклеиновых кислот и реакция обратной транскрипции 67
Выравнивание нуклеотидных последовательностей, дизайн прапмеров и зондов 68
Полимеразная цепная реакция в формате FLASH
Общая стратегия подбора праймеров 70
Детекция результатов ПЦР 72
Клонирование положительных контролен 73
Результаты и обсуждение. 74
Стратегия диагностики 74
Выбор типа флуоресцентно-меченого зонда для ПЦР в формате FLASH 75
Адаптация наборов для выделения нуклеиновых кислот 77
Разработка SCAR-маркеров и диагностических тест-систем для видовой дифференцировки фитопато генов 79
Выбор участка генома, подбор праймеров 80
Подбор и апробация зондов, проверка ингибирования ПЦР амплификацией ВК 104
Сравнение существующих диагностических систем с разработанными 109
Апробация тест-систем на полевых образцах 118
Выводы. 122
Литература 123
Приложение 1 140
