Введение
1. Обзор литературы 9
1.1 Экология вируса Западного Нила (ЗН) и его значение в инфекционной патологии человека 9
1.1.1 Географическое распространение вируса Западного Нила 10
1.1.2 Филогенетические взаимоотношения различных изолятов вируса Западного Нила 17
1.1.3 Значение членистоногих в экологии вируса Западого Нила 22
1.1.4 Значение позвоночных в экологии вируса Западного Нила 27
1.1.5 Клинические проявления лихорадки Западного Нила 31
1.2 Молекулярно - генетическая организация вируса Западного Нила 33
2. Материалы и методы 41
2.1 Место сбора и объем полевого материала 41
2.2 Методы сбора, транспортировки, хранения и подготовки полевых материалов 46
2.3 Вирусологическое обследование 46
2.4 Штаммы и нуклеотидные последовательности вируса Западного Нила, использованные в работе 47
2.5 Выделение тотальной РНК из осветленной клеточной или тканевой суспензии 49
2.6 Реакция обратной транскрипции 49
2.7 Проведение полимеразной цепной реакции 50
2.8 Электрофорез ДНК 50
2.9 Секвенирование ДНК 50
2.10 Компьютерная обработка данных 51
3. Полученные результаты 52
3.1 Разработка ОТ-ПЦР тест - системы для детекции вируса ЗН 52
3.1.1 Подбор праймеров 52
3.1.2 Определение специфичности ОТ-ПЦР тест - системы 57
3.1.3. Определение чувствительности ОТ-ПЦР тест — системы 58
3.2 Зараженность вирусом Западного Нила птиц дельты Волги и Волго - Ахтубинской поймы 61
3.2.1 Выявление РНК вируса Западного Нила у птиц методом ОТ-ПЦР 62
3.2.1.1 Зараженность вирусом ЗНптиц в различных природных зонах дельты Волги 63
3.2.1.2 Зараженность вирусом ЗН диких и синантропних птиц дельты Волги 67
3.2.1.3 Выявление РНК вируса ЗН у мелких позвоночных, в дельте Волги 72
3.2.2. Вирусологическое обследование птиц дельты Волги 73
3.3 Генетический анализ штаммов вируса ЗН, выделенных в дельте Волги от птиц в 2001 и 2002 гг 77
3.3.1 Анализ нуклеотидных последовательностей 79
3.3.2 Анализ предсказанных аминокислотных последовательностей 84
3.3.3 Филогенетический анализ 88
4. Обсуждение полученных результатов 91
Выводы 101
