Введение
Обзор литературы 5 1.
Структурно-функциональная организация транскрипционного аппарата бактерий
Этапы формирования транскрипционного комплекса
Зависимость генной экспрессии от регуляторных белков (факторов транскрипции) 18
Современные методы исследования регуляции транскрипции
Влияние топологии двойной спирали и пространственной упаковки бактериальной ДНК на транскрипцию
Белки нуклеоида как глобальные регуляторы транскрипции
Регуляция экспрессии гена dps 1.
Заключение по обзору литературы
Материалы и методы
Компьютерные программы и алгоритмы
Бактериальные штаммы и условия культивирования
Выделение геномной ДНК E. coli 44
Амплификация участков регуляторной области гена dps
Получение радиоактивно меченных олигодезоксрибонуклеотидов
Фракционирование ДНК методом электрофореза в полиакриламидном геле
Экстракция фрагментов ДНК из полиакриламидного геля
Определение нуклеотидной последовательности фрагментов ДНК по Максаму-Гилберту 47
8. Оценка способности фрагментов ДНК к образованию комплексов с а РНК-полимеразой E. coli 9.
10. Определение транскрипционной активности промоторов in vitro 48
11. Клонирование промотор-со держащих фрагментов в вектор рЕТ28Ь-EGFP з
Выделение суммарной клеточной фракции РЕК
13. Реакция удлинения праймера in vivo 51
14. Количественная ПЦР (qRT-PCR) 51
15. Измерение активности промоторов в репортерном векторе, содержащем ген (3-галактозидазы
Эксперименты «pull-down» 54
«DNA-sampling» 55
Суперпродукция белков Dps и CRP в клетках E. coli 56
Очистка рекомбинантного белка Dps 57
Локализация сайтов взаимодействия белка Dps с фрагментами ДНК 57
Электрофоретическое фракционирование белков
Задержка комплексов фрагментов ДНК с очищенным белком Dps
Исследование структурно-функциональной организации регуляторной области гена dps 2. Оценка функциональной активности предсказанных промоторов in vitro и in vivo
Влияние дополнительных промоторов на экспрессию гена dps в стрессовых
4. Исследование возможности участия белка Dps в регуляции экспрессии гена dps
5. Поиск регуляторов, учавствующих в модуляции экспрессии гена DPS
Список публикации по теме диссертации
Список литературы
Благодарности
