Введение
ГЛАВА 1. Обзор литературы
Ретиноиды: функциональное и клиническое значение, метаболические и сигнальные
пути, роль в канцерогенезе 9
1.1. Номенклатура, структура и химические свойства ретиноидов 9
1.2. Биологическая роль ретиноидов 10
1.3. Метаболизм ретиноидов
1.3.1. Поступление ретиноидов в организм человека 12
1.3.2. Транспорт и хранение ретиноидов 15
1.3.3. Биосинтез полностью транс-ретиноевой кислоты (ATRA)
1.3.3.1. Окисление ретинола в ретинальдегид 16
1.3.3.2. Восстановление ретинальдегида в ретинол 19
1.3.3.3. Окисление ретинальдегида в ATRA 20
1.3.3.4. Деградация и транспортировка ATRA в клеточное ядро 21
1.4. Сигнальный путь ретиноидов 22
1.4.1. Ретиноидные рецепторы 22
1.4.2. Транскрипционная регуляция экспрессии генов ретиноевои кислотой 24
1.4.3. Негеномные действия ретиноидов 28
1.4.4. Участие ретиноевои кислоты в различных сигнальных путях 28
1.5. Ретиноиды и процесс канцерогенеза 31
1.5.1. Участие ретиноидов в регуляции клеточного цикла и апоптозе 32
1.5.2. Участие ретиноидов в процессах дифференцировки и пролиферации клеток 34
1.5.3. Использование природных ретиноидов в медицинской практике 35
1.5.4. Использование синтетических ретиноидов в медицинской практике 36
1.5.5. Использование ретиноидов для лечения рака кожи, головы и шеи 38
1.5.6. Использование ретиноидов при раке легкого 38
1.5.7. Использование ретиноидов при раке молочной железы 39
1.5.8. Комбинированная химиотерапия с применением ретиноидов 39
ГЛАВА 2. Материалы и методы
2.1. Клинические образцы
2.2. Анализ транскриптомных баз данных 43
2.3. Выделение РНК из тканей и клеточных культур 44
2.4. Реакция обратной транскрипции 45
2.5. Полуколичественная ОТ-ПЦР 45
2.6. Количественная ПНР в реальном времени 46
2.7. Вестерн-блоттинг 47
2.8. Обработка клеточных линий злокачественных опухолей толстой кишки 5-аза-2 -дезоксицитидином и трихостатином А 49
2.9. Статистический анализ 49
ГЛАВА 3. Результаты исследования
3.1. Идентификация генов, потенциально вовлеченных в метаболизм ретиноидов в нормальных и опухолевых тканях толстой кишки, желудка и легкого с помощью анализа транскриптомных баз данных 50
3.2. Анализ изменения экспрессии ATRA-зависимых генов при раке толстой кишки, раке желудка и легкого на основе транскриптомных данных 54
3.3. Определение изменения экспрессии генов, участвующих в метаболизме и сигнальном пути ретиноидов при раке толстой кишки
3.3.1. Гены, кодирующие ретинол-окисляющие ферменты 55
3.3.2. Гены, кодирующие ретиналь-восстанавливающие ферменты 60
3.3.3. Корреляция между изменением уровня мРНК и белка AKR1B10 3.3.4. Гены, кодирующие ретиналь-окисляющие и ATRA-деградирующие ферменты, ретинол- и ATRA-связывающие белки 62
3.3.5. Экспрессия генов метаболизма ретиноидов в клеточных линиях злокачественных опухолей толстой кишки 64
3.3.6. Гены ядерных рецепторов ретиноевои кислоты и ретиноидных X рецепторов. 65
3.3.7. Изменение экспрессии ATRA-зависимых генов 66
3.3.8. Изменение экспрессии ретиноид-ассоциированных генов в клеточных линиях злокачественных опухолей толстой кишки, обработанных 5-аза-с1С и TSA 70
3.4. Определение изменения экспрессии генов, участвующих в метаболизме и сигнальном пути ретиноидов при раке желудка 70
3.4.1. Гены, кодирующие ретинол-окисляющие ферменты 70
3.4.2. Гены, кодирующие ретиналь-восстанавливающие ферменты 72
3.4.3. Гены, кодирующие ретиналь-окисляющие и ATRA-деградирующие ферменты, ретинол- и ATRA-связывающие белки 74
3.4.4. Гены ядерных рецепторов ретиноевои кислоты и ретиноидных X рецепторов.. 74
3.4.5. ATRA-зависимые гены 76
3.5. Экспрессия генов, участвующих в метаболизме и сигнальном пути ретиноидов при немелкоклеточном раке легкого 77
3.5.1. Гены, кодирующие ретинол-окисляющие ферменты 77
3.5.2. Гены, кодирующие ретиналь-восстанавливающие ферменты 78
3.5.3. Гены, кодирующие ретиналь-окисляющие и ATRA-деградирующие ферменты, ретинол- и ATRA-связывающие белки 79
3.5.4. Гены ядерных рецепторов ретиноевои кислоты и ретиноидных X рецепторов 79
3.5.5. ATRA-зависимые гены 81
ГЛАВА 4. Обсуждение результатов
4.1. Нарушения метаболизма ретиноидов при раке толстой кишки, желудка и легкого 85
4.2. Изменение экспрессии генов ретиноидных рецепторов 93
4.3. Изменение экспрессии ATRA-зависимых генов при раке толстой кишки, желудка и легкого 94
4.4. Участие эпигенетических изменений (метилирования ДНК и модификации гистонов) в инактивации исследованных генов 99
4.5. Корреляционая зависимость между аномальной экспрессией генов и клинико-патологическими характеристиками опухолей 100
Заключение 101
Выводы 102
Список литературы
