Введение
Глава I. Обзор литературы 8
1.1 Предшественник бета-амилоида (ПБА) 8
1.2 Бета-амилоид 9
1.3 Металлсвязывающий фрагмент бета амилоида человека и крысы 11
1.4 Нейротоксичность бета-амилоида 16
1.5 Амилоидные фибриллы 18
Промежуточные продукты процесса фибриллообразования 18
Процесс агрегации Ар 22
Условия агрегации in vitro и in vivo 24
1.6 Методы определения структуры белка 25
1.7 Определение структуры белка методом спектроскопии ЯМР 25
Пробоподготовка 26
Измерение спектров ЯМР 27
Отнесение сигналов 27
Получение структурных ограничений 30
Расчет и оптимизация структуры 31
II. Экспериментальная часть 37
2.1 Приготовление образцов 37
2.2 Измерение спектров ЯМР 38
2.3 Отнесение сигналов и получение ограничений 39
2.4 Расчет структур 45
Оптимизация протокола для программы GROMACS 48
Уточнение координат репрезентативной структуры методом ММ/КМ 56
Визуализация и оценка качества получаемых структур 57
III. Результаты и их обсуждение 58
3.1 Отнесение сигналов 58
3.2 Ограничения на межъядерные расстояния и диэдральные углы
3.3.1 Оптимизация протокола для программы GROMACS 59
3.3.2 Расчет структур пептида Rat АР(1-16) в свободном состоянии и в комплексе с цинком 70
3.3.3 Расчет структур пептида Ар (1-16) в комплексе с цинком 79
3.3.5 Изучение взаимодействия Ар 1S0(1-16) с ионами Zn + 90
Выводы 96
Список литературы
